İhtisas Programı, farklı ilim dallarında derinleşmek ve bu ilimlerin günümüz düşünce dünyasıyla ilişkisini araştırmak amacıyla oluşturulmuştur. Program, beş farklı çalışma grubu etrafında şekillenmektedir. Çalışma grupları, başvuru sayısının yeterli olması durumunda açılmakta ve her çalışma grubu iki yıllık seminer programının ardından bir yıllık araştırma sürecinden oluşmaktadır. Böylece katılımcıların seminer dönemlerinde edindikleri bilgi ve birikimi araştırma sürecinde kendi çalışmaları üzerinden geliştirmeleri hedeflenmektedir.

Çalışma gruplarında metin okumaları, seminerler, müzakereler ve araştırma çalışmaları yürütülmektedir. Fıkıh Çalışma Grubu fıkıh ve hukuk tarihine, Osmanlı’nın son dönemindeki hukuki dönüşümlere, Mecelle’ye, fetva kurumuna, arşiv kaynaklarına ve farklı hukuk geleneklerine odaklanmaktadır. Hadis Çalışma Grubu ilel, hadis usulü, hadis okumaları, müzakereler ve tarih yazımı üzerinden hadis ilminin kaynaklarını ve yöntemlerini incelemektedir. İslam Düşüncesi Çalışma Grubu ise burhan, metafizik, sufi yöntem, Kıta Avrupa felsefesi, bilim felsefesi, matematik felsefesi, modern fizik ve fenomenoloji gibi alanlarda okumalar gerçekleştirmektedir.

Programın ortak seminerleri, çalışma gruplarının ele aldığı meseleleri daha geniş bir perspektifte değerlendirme imkânı sunmaktadır. Modernite, Mukayeseli Bilim Tarihi, Çağdaş İslam Düşüncesi, Mukayeseli Ahlak Felsefesi, Türkiye Tarihi, Dünya Tarihi ve Araştırma Teknikleri gibi başlıklar, katılımcıların farklı disiplinlerle temas kurmasını sağlamaktadır. Farklı çalışma gruplarından gelen katılımcıların ortak bir zeminde buluşması, farklı bakış açılarını tanımalarına, kendi düşüncelerini geliştirmelerine ve ele aldıkları meseleler arasında yeni bağlantılar kurmalarına imkân vermektedir. Ortak seminerler bu yönüyle programın genel düşünce ufkunu oluşturan ve katılımcıların entelektüel gelişimini destekleyen önemli bir unsur olarak öne çıkmaktadır.

Klasik kaynaklardan hareket eden çalışmalar, farklı ilim ve düşünce gelenekleriyle kurulan temaslarla genişletilmektedir. İki yıllık seminer süreciyle alan bilgisi ve düşünsel birikim oluşturulması, üçüncü yıldaki araştırma süreciyle bu birikimin özgün çalışmalara dönüştürülmesi amaçlanmaktadır. Böylece katılımcıların kendi çalışma alanlarında derinleşmeleri ve ele aldıkları meseleleri tarihî, fikrî ve metodolojik boyutlarıyla değerlendirmeleri hedeflenmektedir.